尽管供应链管理中技术和财务方面的支撑是非常重要的，但却不是实施供应链管理的主要障碍。国外的经验表明，实施供应链管理的主要障碍来自于组织内部和贸易伙伴间的协调。
这些组织内部的障碍既与企业文化有关，又与各部门的职能划分有关。传统的垂直型组织结构使得每一个职能部门都能独立完成自己的任务且独立评估。而供应链管理的变革却是跨越职能界限的，因此，传统的组织结构给供应链管理造成了主要的障碍。现有的对效绩的评估系统也是实施供应链管理的另一个主要障碍。因为每个人都习惯于关注系统中单一组件的效率，而没有人去考虑整体的效益。例如运输部门追求低运输费用；采购部门愿意增加订量以减少单价；销售部门希望高库存以减少缺货损失。这些部门自身的利益追求与供应链的整体利益常常发生冲突。
建立优化的供应链，需在贸易伙伴间建立信任、诚实和开放的关系，贸易伙伴间的障碍主要是供应链中的各成员不愿意与他人共享信息，也不愿意牺牲自己的利益去争取供应链的最大利益。
例如："使用较小的箱体尺寸"，在当前的评价系统指导下，很少能看到小箱体尺寸带来的利益。工厂管理者不会（因人工成本更高），产品管理者不会（因包装成本更高），批发仓库管理者不会（因人工成本更高），商店管理者也不会（因存货人工成本更高）。然而，据估算，将货物包装箱体的尺寸减半，可以将平均零售库存降低30％~40％。由于降低了商店成本要远远高于其它步骤中浪费的成本，因此，从整个供应链的角度来看，系统的投资收益是增加的。
又如：生产商与零售商，从目标上讲，它们是一致的，那就是扩大销售利益，加速资金周转。但长期以来，由于市场和观念等因素的影响，零售商往往忽视了与供应商改善关系，甚至处于"欠款进货"的恶性循环之中。从表面上看，零售商的资金使用和周转没有受到影响，且为此沾沾自喜。事实上，这种运作方式大大损害了零售商与供应商的关系，损坏了整体供应链的运作效率。对于零售商而言，最直接的表现就是进货成本居高不下。
由此可见，供应链管理需要一个新的评估系统。为使整个供应链的效益最大，有时需要牺牲某一个贸易伙伴的利益，或者某一个职能部门的利益。新的评估系统应能对每个贸易伙伴、每个职能部门在优化供应链中所起的作用作出正确评估，在此基础上分配优化供应链带来的利益。